Basierend auf der gleichnamigen Zeichentrick-Serie erzählt der Film, wie sich Scooby und Shaggy zum ersten Mal trafen und wie sie sich mit den Detektiven Fred, Velma und Daphne zur Mystery Inc. zusammenschlossen. Nach Hunderten gelöster Fälle steht die Gang jetzt vor ihrer größten Herausforderung: Eine obskure Verschwörung plant, den Geisterhund Cerberus auf die Welt loszulassen. Während die Detektive versuchen, die "Bellokalypse" aufzuhalten, entdecken sie, dass Scooby ein geheimes Vermächtnis hat.