300 Jahre nach den Ereignissen des letzten Films ist die Erde komplett unter der Herrschaft der Affen. Der Anführer einer Fraktion, König Proximus Cäsar (ein Bonobo), versucht nun, die anderen Stämme mit erbeuteten Menschenwaffen zu unterwerfen. Um ihn aufzuhalten, müssen ein Schimpansenkrieger und eine wilde Menschenfrau sich auf eine gefährliche Mission machen.