Thomas Anderson lebt sein Leben als erfolgreicher Computerspieldesigner und hat nur manchmal seltsame Erinnerungen, die ihm vorgaukeln, daß die Ereignisse aus seinem "Matrix"-Spiel echt waren. Als ihm ein neuer Morpheus begegnet und ihn wieder vor die Wahl zwischen den beiden Pillen stellt, ist es der Beginn einer Reise in die Matrix, die sich seit Neos letztem Besuch sehr verändert hat.