Die Geschichte spielt in Japan vor unserer Zeit. Unser junger, gutherziger Held Kubo lebt in einer Stadt am Meer und kümmert sich um seine Mutter, seit sein Vater verstorben ist. Er lebt ein bescheidenes Dasein als Geschichtenerzähler, zu dessen Zuhörern auch Hosato, Akihiro und Kameyo gehören. Doch Kubos recht ruhige Existenz zerbricht mit einem Schlag, als er versehentlich einen Geist aus seiner Vergangenheit beschwört und dieser voller Zorn auf die Erde hinab stürmt, um eine uralte Blutrache zu vollstrecken. Nun bricht das große Chaos aus, Kubo muss flüchten und ist auf die Hilfe seiner neuen Gefährten angewiesen: Monkey und Beetle. Mit ihnen begibt er sich unerschrocken auf eine gefahrvolle Abenteuerfahrt, um seine Familie zu retten und das Rätsel um seinen gefallenen Vater, einst ein legendärer Samurai-Krieger, zu entwirren. Mit Hilfe seiner Schamisen – einem magischen dreisaitigen Lauteninstrument – muss Kubo zuerst Götter und Monster, einschließlich des rachsüchtigen Moon King und dessen bösen Zwillingsschwestern, bekämpfen, bevor er das Geheimnis seines Vermächtnisses lösen, seine Familie vereinen und sein Schicksal erfüllen kann.