Kong und seine Beschützer befinden sich auf einer gefährlichen Reise, um die wahre Heimat des Giganten zu finden. Mit dabei ist auch Jia, ein junges Waisenmädchen, zu dem Kong eine starke und einzigartige Bindung aufgebaut hat. Unerwartet kreuzen die Reisenden den Weg des wütenden Godzilla, der eine Schneise der Verwüstung über den Erdball zieht. Doch in dem epischen, durch unsichtbare Kräfte ausgelösten Zusammenstoß der beiden Titanen offenbart sich nur ein kleiner Teil eines Geheimnisses, das bis tief ins Innere der Erde führt.