Auf Nano und seine Klassenkameradin Lilly wartet ein aufregendes Abenteuer: Sie müssen Nanos Großvater in einer ungewöhnlichen Rettungsaktion zur Hilfe eilen. Denn der fiese Prof. Schlotter hat ihm den ferngesteuerten Miniroboter Gobot in den Körper gepflanzt. Jetzt kann nur noch Dr. X helfen: Durch ein raffiniertes Verfahren werden Nano und Lilly so klein geschrumpft, dass sie samt winzigem Raumschiff auf eine medizinische Reise durch das Innere des menschlichen Körpers geschickt werden können. Neben verwirrenden Labyrinthen, bösen Killerzellen und dem Gobot, arbeitet auch die Zeit gegen sie, denn der Sauerstoffvorrat ihres Raumschiffes ist begrenzt.