Aufgrund des massiven Wirbels, den der Bourne-Skandal hervorgerufen hat, ist das CIA gezwungen, die "Operation Outcome" - den Nachfolger der Jason-Bourne-Operation - fürs Erste auf Eis zu legen. Aaron Cross ist einer der "Outcome"-Agenten. Er wacht in Gefangenschaft auf und stellt fest, dass er genau wie der Rest der Abteilung eliminiert werden soll. Er beschließt, seine Kollegen zu retten und findet eine Verbündete in der Ärztin Stephanie. Ihnen auf den Fersen ist allerdings der CIA-Agent Byer, der das Duo unter allen Umständen stoppen will.