"Stonewall" ist die Geschichte eines fiktiven jungen Mannes, der 1969 in die historischen Stonewall-Unruhen hineingezogen wird: Als Danny Winters (Jeremy Irvine) von seinen Eltern verstoßen wird, muss er seine Freunde zurücklassen und nach New York fliehen. Ohne Dach über dem Kopf und völlig mittellos lernt er in Greenwich Village eine Clique von Street Kids kennen, die ihn in die Kneipe The Stonewall Inn mitnehmen. Doch die zwielichtige Bar gehört der Mafia und ist nicht gerade eine Oase der Ruhe und Besinnlichkeit. Danny und seine Freunde werden diskriminiert und übel behandelt, selbst die Polizei schreckt vor Übergriffen nicht zurück – mit der Zeit staut sich eine ungeheure Wut in ihnen an. Das gilt für Danny ebenso wie für die gesamte Gemeinschaft der jungen Schwulen, Lesben und Transvestiten, die sich im Stonewall Inn treffen. Bis sich eines Tages ihr Zorn entlädt: Als der erste Stein fliegt, kommt es zum Aufstand – der Beginn ihres Kreuzzugs für die Gleichberechtigung.