Der junge Snake Eyes, ein beharrlicher Einzelgänger, wird in den ehrwürdigen japanischen Arashikage-Clan aufgenommen, nachdem er das Leben des designierten Thronfolgers gerettet hat. Nach seiner Ankunft in Japan lehren ihn die Arashikage die Kunst der Ninja und bieten ihm gleichzeitig, wonach er sich schon immer gesehnt hat: ein Zuhause. Doch eines Tages werden Geheimnisse aus seiner Vergangenheit enthüllt: Snake Eyes Ehre und Loyalität werden auf die Probe gestellt und er läuft Gefahr, das Vertrauen derer zu verlieren, die ihm am nächsten stehen.