Der quirlige Riffbarsch Shorty ist mit seiner kleinen, über alles geliebten Schwester Indigo und seinem besten Kumpel Jake, einem übermütigen Sägefisch, in einem farbenprächtigen Korallenriff zuhause. Shorty und Jake wollen endlich einmal das jährliche Fußballturnier um den Riffpokal gewinnen, da verwüstet ein riesiges Schleppnetz einer Fischfangflotte ihre tropische Unterwasserwelt in Sekundenschnelle. Die beiden Freunde entgehen nur knapp dem Unglück, aber Indigo bleibt zunächst wie vom Meeresboden verschluckt. Als die drei Freunde endlich wieder vereint sind, machen sie sich gemeinsam auf die Suche nach dem geheimnisvollen Zauberriff, von dem ihnen die weise Krake Oana erzählt hat. Sie hoffen, dort ein neues, sicheres Zuhause zu finden. In einem Wettlauf mit der Zeit geraten Shorty, Jake und Indigo bei ihrer abenteuerlichen Odyssee in eine faszinierende Tierwelt aus Quallen, Haien, Walen und Delfinen.