Ganz nach King Juliens Motto "I Like to Move it Move it" starten das vorlaute Zebra Marty, der eitle Löwe Alex, die hypochondrische Giraffe Melman und die divenhafte Nilpferddame Gloria erneut einen Versuch, endlich in ihren heiß geliebten New Yorker Zoo zurückzukehren. Bei ihrem Fluchtplan darf die unverzichtbare Hilfe von Julien, dem König der Lemuren, und den vier Bruchpiloten Skipper, Private, Kowalski und Rico natürlich nicht fehlen! Doch unsere liebenswerten Schiffbrüchigen schaffen es gerade mal nach Monte Carlo, bevor sie prompt von der skrupellosen Tierfängerin Capitaine Chantel DuBois in einem Spielcasino entdeckt werden. Wie sollen sie es nur durch ganz Europa schaffen, ohne aufzufallen? Als sie zufällig auf einen Wanderzirkus treffen, scheinen all ihre Probleme gelöst - wäre da nicht der raubeinige russische Tiger Vitaly, der sich mit dem "plüschigen" Alex so gar nicht anfreunden will. Doch Marty und die restlichen Madagascarfreunde können mit ihren einzigartigen Talenten überzeugen und kreieren gemeinsam schließlich die atemberaubendste Zirkus-Performance, die die Welt je gesehen hat - doch wird sie das der Heimat näher bringen?