RELOADED beginnt, wo MATRIX endete. Die Maschinen haben eine weireichende Entdeckung gemacht: Sie wissen jetzt, wo sich Zion, die letzte Zuflucht der Menschheit, befindet. Den Menschen bleiben nur 72 Stunden, bevor sich tausende von Wächtern tief ins Innere der Erde durchgegraben haben, um die unterirdische Stadt zu vernichten.